O inimigo principal da Inquisição, oficialmente, era o cristão-novo, que era acusado de continuar, às escondidas, práticas judaizantes. Contudo, há que salientar que a maior parte dos intelectuais perseguidos eram clérigos, o que não é de estranhar porque estes formavam a classe mais instruída da época. O grupo profissional que se encontra a seguir, em termos numéricos, entre as vítimas do Santo Ofício, é o dos militares.
Dentro da Igreja havia muitas disputas sobre o papel da Inquisição, havendo quem se manifestasse contra a sua acção, como o Padre António Vieira. Por outro lado ainda, é preciso fazer notar que havia cristãos-novos entre a classe com maior poderio económico, e que alguns destes tinham peso significativo junto do poder, na medida em que, desde D. Afonso V, os reis contraíam empréstimos para manterem guerras e outros objectivos. As perseguições aos judeus e cristãos-novos fizeram com que se acelerasse a transferência da vida comercial de Lisboa, e de outros centros da Península, para Amsterdão, precipitando a decadência de Portugal e Espanha, e aumentando o poderio da Holanda
O Professor Borges Coelho salientou o papel decisivo que o cardeal D. Henrique, que chegaria a rei de Portugal, teve no lançamento da Inquisição no nosso país. Referiu ainda que houve fases em que a actuação desta foi bem menor, precisamente devido à oposição a sua acção desencadeava. Mas que houve um recrudescimento no tempo de D. João V, o qual inclusive assistia, acompanhado pela família, aos autos-de-fé.
A Inquisição atingiu muitos cristãos-velhos, que entravam em conflito com os poderes públicos. Para além do caso do Padre António Vieira, referiu Damião de Góis, que se viu forçado a retirar da sua crónica de D. Manuel as referências ao envenenamento de D. João II, João de Barros, e Fernando Oliveira, autor da primeira gramática portuguesa.
No século XVIII Bocage esteve preso durante dois anos por versos considerados ofensivos, e Filinto Elísio teve de se refugiar em França, devido às perseguições. Referiu ainda as restrições à difusão das ideias de Erasmo, e que até a obra do poeta romano Horácio chegou a estar interdita.
A concluir, e em resposta a uma pergunta, o Professor Borges Coelho referiu que a Inquisição ainda hoje existe, embora o facto seja desconhecido de muitos.
